D’un point de vue écologique le site Natura 2000 Cours inférieur de l’Aude abrite de nombreuses espèces et habitats d’intérêt communautaire terrestres et marins tels que :
- Les espèces amphihalines (terrstre et marines) : la Lamproie marine et l'Alose feinte
- Les espèces uniquement terrestres : la Lamproie de rivière, le Toxostome, la Cordulie à corps fin et la Cordulie splendide ;
- Les espèces uniquement marines : le Grand dauphin et la Tortue caouanne,
- Les habitats naturels marins :
- Les bancs de sable à faible couverture permanente d’eau marine (Sables fins de haut niveau, Sables fins bien calibrées, Sables grossiers et fins graviers sous influence des courants de fonds ;
- les replats boueux et sableux exondés à marée basse (sables médiolittoraux);
- les récifs.
Soulignons que ce site abrite deux habitats atypiques : les Reefs Envasés, formations de vase solidifiée constituant un biotope unique et la biocénose du détritique côtier.
D’un point de vue fonctionnalité, ce site permet la reproduction d'espèces migratrices vulnérables telles que l’Alose feinte et la Lamproie marine, espèces en forte régression depuis la prolifération des ouvrages sur les cours d'eau.
Il permet également de faire le lien entre l'affluent Orbieu et la mer et de disposer ainsi pour les poissons d'un système fluviatile complet depuis le haut du bassin versant jusqu’à la mer. L'extension en mer permet également d'intégrer les zones de regroupement avant la remontée des poissons vers leurs frayères.
