Le site Natura 2000 « Posidonies du Cap d’Agde » (FR9101414) se situe au centre du Golfe du Lion, dans les eaux du littoral agathois. Il couvre un territoire exclusivement marin de plus de 6152 hectares, limité à l’Ouest par l’embouchure du fleuve Hérault, et à l’Est par Port-Ambonne. Sa limite en mer est alignée sur la bande des 3 Milles nautiques soit environ 5,5 km.
Ce périmètre englobe les principales zones où se développe la posidonie et le coralligène ainsi que les secteurs à fortes valeurs patrimoniales comme l’ilot de Brescou, les petits fonds rocheux de la conque et de la roche Notre-Dame. Il inclut également la zone d’évolution de la majeure partie des activités maritimes comme la plaisance, la plongée ou la pêche.
Cette masse d’eau côtière est soumis à l’influence à l’Ouest du fleuve Hérault et à L’Est par le bassin de Thau. Le fleuve Hérault, principal fleuve côtier de la région Occitanie, façonne le relief sédimentaire sous-main du site et du trait côte. Les charges solides et les alluvions charriés par le fleuve constituent une source de nutriments bénéfiques pour de nombreuses espèces. Certaines de ces espèces ont grandies ou transitées par le bassin de Thau qui joue un rôle essentiel pour le maintien de la ressource halieutique du site.
L’origine volcanique du site confère à ce denier un caractère exceptionnel et unique en Méditerranée française continentale, avec les falaises volcaniques du Cap d’Agde qui bénéficient d’une servitude de protection des sites et monuments naturels inscrits du 4 avril 1945 et l’ilot de Brescou seul ile de la région Occitanie.