Dans la ligne directe de ses engagements internationaux et européens, la France a adopté, en novembre 2007, la stratégie nationale de création et de gestion des aires marines protégées , dont l’objectif est de créer un réseau complet, représentatif et cohérent, d’aires marines protégées d’ici à 2012, et cela avec l’appui de l’Agence des aires marines protégées (AAMP).
Cette démarche est renforcée par le Grenelle de la Mer avec l'écriture du Livre bleu « Stratégie nationale pour la mer et les océans », qui fixe des objectifs ambitieux en matière d’aires marines protégées :
- 10 % des eaux sous juridiction française d’ici 2012 et 20 % d’ici 2020;
- 10 % des eaux sous-juridiction en réserves halieutiques d’ici 2020.
Les sites Natura 2000 ayant une partie maritime ont été identifiées comme l'une des 6 catégories historiques d'aires marines protégées définies par la loi du 14 avril 2006. Ils répondent à la première finalité d'une AMP; celle de contribuer au bon état des espèces et des habitats à statut.
Natura 2000 en mer constitue donc un maillon du réseau des aires marines protégées françaises.
