La finalité de Natura 2000 est de « maintenir ou rétablir la biodiversité en tenant compte des exigences économiques, sociales, culturelles et des particularités locales et régionales, ceci dans une logique de développement durable » (art. 2, directive 92/43/CEE).
En effet, la particularité de cet outil de gestion est de proposer un double objectif :
- contribuer à conserver la biodiversité en maintenant le bon état de conservation des habitats et des espèces d’intérêt communautaire ;
- contribuer au développement durable des activités et à la valorisation du territoire en s’appuyant sur un mode de gouvernance des territoires.
À terme, l’objectif de cette démarche vise à trouver le point d’équilibre entre le développement économique et la préservation des richesses naturelles d’intérêt communautaire d’un site, et plus globalement du réseau européen.