D’un point de vue écologique, ce site a pour objet d'inscrire dans le réseau Natura 2000 un patrimoine rare, spécifique et original d’un habitat d'intérêt communautaire actuellement peu représenté en Méditerranée française, les « Bancs de sable à faible couverture d'eau marine ». Cet habitat occupe plus de 98 % de la surface du site Natura 2000 avec notamment les habitats élémentaires « Sables Fins de Haut Niveau », « Sables Fins Bien Calibres » et « Sables Grossiers et fins graviers sous influence des Courants de Fond ». L’autre habitat présent sur le site Natura 2000 est les « Replats boueux et sableux exondés à marée basse » avec l’habitat « Sables Médiolittoraux » qui représente moins de 1 % de la surface du site Natura 2000.
Le site Côtes sableuses de l'infralittoral languedocien se caractérise donc par un littoral sableux encadré à ces extrémités par 2 avancées rocheuses : le Cap Leucate et le Cap d'Agde. Ces substrats sableux sont soumis à un fort hydrodynamisme (influence du courant liguro-provençal) et aux apports alluviaux issus des débouchés fluviaux, permettant la constitution d’un milieu favorable au développement de diverses ressources halieutiques économiquement valorisables.
Concernant les espèces d’intérêt communautaire identifiées sur le site Natura 2000, on note la présence du grand dauphin (Tursiops truncatus) et de la tortue caouanne (Caretta caretta).
Soulignons que ce site abrite un habitat non référence au titre de Natura 2000 mais non moins important, la biocénose du détritique côtier.
