L'objectif ultime du réseau Natura 2000, est l'atteinte du bon état de conservation des habitats et des espèces d'intérêts communautaires.
C'est sur cet unique objectif que chaque état membre doit apporter des résultats satisfaisants à l'Union européenne (UE), sans quoi, il sera pénalisé.
Mais, qu'est ce que l'état de conservation d'un habitat ou d'une espèce?
état de conservation d'un habitat naturel:
l'effet de l'ensemble des influences agissant sur un habitat naturel ainsi que sur les espèces typiques qu'il abrite, qui peuvent affecter à long terme sa répartition naturelle, sa structure et ses fonctions ainsi que la survie à long terme de ses espèces typiques sur le territoire
état de conservation d'une espèce:
l'effet de l'ensemble des influences qui, agissant sur l'espèce, peuvent affecter à long terme la répartition et l'importance de ses populations
Ainsi, pour chaque site Natura 2000, tous les 6 ans, un rapportage à l'UE est obligatoire pour veiller à l'atteinte de cet objectif. Pour cela, un guide méthodologique pour l'évaluation de l'état de conservation des habitats marins a été rédigé par le Museum National d'Histoires Naturelles (MNHN), référent scientifique pour la France.
